Marios eventyr fortsetter i Super Mario Flash 2. hans forrige oppdrag for å redde prinsesse Peach var vellykket, men helten trengte ikke å hvile på laurbærene lenge. Den stakkars prinsessen ble kidnappet igjen og denne gangen ble det gjort av en drage. Han plasserte fangen i tårnet og krever fullstendig underkastelse fra Mushroom Kingdom. Mario hadde ennå ikke rukket å hvile, men gikk på veien igjen. Denne gangen må han møte flere fiender, de vil angripe i hopetall. Vær rask og smidig mens du hopper på fiendenes hoder og ødelegger dem i Super Mario Flash 2.
