Mario er ikke begeistret for Halloween, for på dette tidspunktet blir vanligvis alle onde ånder aktivert i sopprikets vidder og Bowser slipper alle sine undersåtter for å lage rot. I Super Mario Flash Halloween-versjonen hjelper du Mario med å finne alle skurkene og fullføre dem ved å hoppe ovenfra. Alle heltens venner og til og med Luigis bror gjemmer seg hjemme og stikker ikke nesen ut, bare den modige rørleggeren er ikke redd for noen. Og det er en grunn til dette - det er du, den smidige spilleren, som vil kontrollere helten og ikke la ham gjøre en feil i Super Mario Flash Halloween-versjonen.