Prinsesse Peach har blitt kidnappet igjen, Bowser kan ikke roe seg ned, og det er på tide å trekke seg tilbake, men fortsatt der, gi ham en skjønnhet. Mario må ut på veien, og han er heller ikke den første friskheten. For første gang tvilte rørleggeren på evnene hans og bestemte seg for å invitere Sonic til å hjelpe, vel vitende om hvordan han kan løpe fort og hoppe høyt. I mellomtiden, mens Sonic ankommer, kan du kontrollere Mario og hjelpe ham med å samle mynter og hoppe på Bowsers håndlangere. Da kan du bytte til Sonic, men han må samle ringer, men begge heltene har samme mål - å redde prinsessen i Super Mario og Sonic.