Den unge samuraien fikk en viktig oppgave, og han ønsker å fullføre den så raskt og best mulig for å bevise seg selv og vise at han er verdt noe. Du vil ikke vite formålet med oppdraget hans, det er klassifisert, men i Samurai run avhenger det av deg om helten vil nå målet sitt. For å komme i tide vil helten løpe hele tiden, uten å se på føttene hans. Det er din oppgave å hindre ham i å falle ned i et hull eller eksplodere på en bombe, som vil være mye på plattformene. Helten kan ikke bare løpe fort, men også hoppe høyt og til og med sveve litt, takket være kappen hans, og bruke den som fallskjerm. Når du lander, sørg for at området er fritt for bomber og andre farlige gjenstander i Samurai run.