Choo Choo Charles Revenge tar deg til øya Aranearum, hvor et forferdelig monster florerer: en hybrid av en gigapider og et tog som heter Charles. En arkivar, en monsterjeger, var en gang i stand til å beseire et monster ved å kjøre det inn i en tunnel og tette det med et spesielt beskyttende skjold. Men det ble en fiasko og Charles klarte å komme seg løs. Han gjennomsøker øya på jakt etter ofre, og du må finne ham. Achivarius er på ferie, du må kjempe uten ham, og du, i motsetning til monsterjegeren, vil gå i stedet for å kjøre tog. Søk på øya, finn monsteret og ødelegg det i Choo Choo Charles Revenge.