Merge Train Last Rail finner sted om bord på et mystisk tog som har stoppet et sted i en annen verden. For å gjenoppta bevegelsen trenger du en spesiell nøkkel, men i tillegg til dette må du reparere noen komponenter og mekanismer, og for dette trenger du verktøy og forskjellige deler. Du kan få alt dette på en spesiell spilleplass ved å bruke sammenslåingsalternativet. Kombiner to identiske gjenstander for å få en ny, fullfør passasjerbestillinger og lås opp alle gjenstandene på feltet i Merge Train Last Rail.