Ninjagutten ønsker å bevise overfor læreren sin at han er klar for alvorlige utfordringer og at han kan bli betrodd ansvarlige oppgaver. I spillet Ninja Boy Flying dro han i all hemmelighet til et farlig område bebodd av ranere og alle slags kriminelle elementer. Helten har til hensikt å kjøre den i fart, og der det er nødvendig å overvinne brede hindringer, vil han bruke en glideflyvning. Fiender vil løpe mot deg, og du kan enten hoppe over dem eller eliminere dem med et behendig kast av en shuriken - en stålstjerne med skarpe kanter. Du må raskt reagere på hindringer og bestemme enda raskere hvordan du skal overvinne dem i Ninja Boy Flying.