Alle som har vært på sjøen skal ha sett maneter. Dette er gelélignende skapninger som svømmer i vannsøylen, mange av dem svir smertefullt, så ferierende liker ikke maneter for mye. Men i spillet Flappy Jelly vil du hjelpe en av dem, og dette er en helt ufarlig manet, så hun må gjemme seg for de mange fiendene som alle har i undervannsverdenen. I mellomtiden må maneten gjemme seg for stormen som nærmer seg området. Hun vil ikke henge i bølgene i det hele tatt, så hun bestemte seg for å svømme dypere, men havnet mellom ruinene av et gammelt tempel. Hjelp manetene å komme forbi marmorsøylene som stikker ut fra toppen og bunnen av Flappy Jelly.