I den langmodige byen har de slemme gutta returnert i Naruto 3D Game. Bokstavelig talt dagen før håndterte den gule helten Huggy-monstrene og byfolket sukket rolig, men leketøysmonstrene ble erstattet av onde mennesker - svarte ninjaer, og bare helten du kjenner godt under navnet Naruto kan håndtere dem. En fyr i en lys jumpsuit med gult hår som stikker opp er klar til å redde byen igjen. Øverst til høyre finner du et kart hvor banditter er markert med røde prikker. Bruk ASDW-pilene til å flytte helten, og så snart du finner skurken, ødelegg ham, slik Naruto vet hvordan. Klikk på museknappen, og helten vil gjøre alt selv. Fienden vil falle hvis stangen over hodet hans forsvinner i Naruto 3D Game.