På reise rundt i verden falt Naruto ved et uhell inn i en portal som tok ham til skyggeverdenen. Nå må helten vår finne veien hjem. Du i spillet Naruto Shadow Adventures vil hjelpe ham med dette. Ved å bruke kontrolltastene vil du tvinge helten til å bevege seg fremover gjennom området. På veien vil han overvinne ulike hindringer og feller. Overalt vil det være spredt mynter og andre gjenstander som helten din må samle. Hvis du kommer over innbyggerne i denne verden, skyggestikkmenn, må du kjempe mot dem. Ved å kontrollere handlingene til Naruto, vil du slå mot fienden. Ved å ødelegge fiendene vil du få poeng og plukke opp trofeene som vil falle ut av den.