En modig ninja ved navn Kyoto må klatre opp på taket av en høy bygning. Du i spillet Ninja Up vil hjelpe karakteren i dette eventyret. Foran deg vil ninjaen din som står på bakken være synlig på skjermen. På et signal vil karakteren din begynne å hoppe til en viss høyde. Du må tegne en linje under ninjaen med musen. Så snart du tegner det, vil et spesielt gummitau dukke opp. Helten din, etter å ha falt på den, vil hoppe og fly opp. Så ved å tegne disse tauene i spillet Ninja Up, vil du gradvis hjelpe helten med å klatre opp på taket av bygningen. Samtidig må du underveis hjelpe ninjaen med å samle gjenstander som vil henge i luften forskjellige steder på spillefeltet. For deres valg i spillet vil Ninja Up gi deg poeng.