Innbyggerne i en liten japansk landsby blir stadig undertrykt av den lokale aristokraten. En samurai som reiste gjennom Japan bestemte seg for å hjelpe dem. For å gjøre dette, må han infiltrere eiendommen til en aristokrat og ødelegge den. Du i spillet Mini Samurai Kurofune vil hjelpe samuraiene i dette eventyret. Helten din må komme inn i eiendommen som er bevoktet av ninja-leiesoldater. De vil angripe karakteren din. Du kontrollerer handlingene til helten vil kjempe mot dem. Ved å bruke et sverd og bruke hånd-til-hånd kampteknikker, må du ødelegge alle motstanderne dine. For dette i spillet Mini Samurai Kurofune vil du få poeng. Etter fiendens død, samle trofeer som vil falle ut av ham.