Ninjaen bestemte seg for å strekke på bena og løpe rundt i byen og samle mynter. I spillet Ninja Runner vil du møte en helt og hjelpe ham med å arrangere byparkour. Det er ingen uoverkommelige høyder for helten, du kan klikke på fyren flere ganger, og han vil hoppe til en hvilken som helst topp: en plattform, et tårn og en annen topp. Etter å ha løpt gjennom nivået, kan du gå videre til et annet, men vær forsiktig, på nye nivåer vil det være flere hindringer i form av skarpe pigger som du ikke trenger å hoppe på for ikke å miste livshjerter. Det er flere og flere skarpe hindringer, noe som betyr at du må være veldig rask og smidig for å redde ninjaen fra å miste liv i Ninja Runner.