I retning av en liten bygd i Japan beveger en avdeling av ranere seg. Selv om de dreper lokalbefolkningen og plyndrer landsbyen. En modig ninjakriger reiste seg for å beskytte lokalbefolkningen. Du i spillet Phase Ninja vil hjelpe helten med å kjempe mot skurkene. Foran deg på skjermen vil være synlig for området der karakteren din vil befinne seg. En fiendtlig enhet vil bevege seg i hans retning. Ved hjelp av ulike kastevåpen og en bue med piler kan du ødelegge motstandere på avstand. Når fienden kommer nær, trekker du sverdet og deltar i nærkamp. Ved å slå med et sverd mot fienden vil du ødelegge dem og få poeng for det. Etter fiendenes død, vil du kunne plukke opp trofeer som vil falle ut av dem.