I den andre delen av Ninja Dogs 2 vil du fortsette å hjelpe en gruppe med ninjahunder med å bekjempe vaktene fra kongeriket. I dag må du angripe slottene deres og fange dem eller ødelegge dem. Foran deg på skjermen vil du se et bestemt område der bygningene vil ligge. Inne i bygningene vil du se soldatkatter. En kanon vil bli installert i en viss avstand fra bygningene. Med sin hjelp vil du skyte hundene dine med krigene dine, og de, som har flydd en viss avstand, vil krasje inn i veggen i bygningen og ødelegge angrepskattene. For å gjøre dette må du beregne banene til skuddene dine. Etter å ha ødelagt alle kattene, vil du motta poeng og gå til neste nivå i spillet.