Frem til nå måtte Mario bare håndtere onde sopp, snegler og andre håndlangere fra sin evige fiende Bowser. Men dette er bare blomster sammenlignet med det som venter ham i Super Mario Commander. Et lumsk angrep fra verdensrommet ble uventet gjort på World of Mario. Fryktsomme og onde skapninger, bevæpnet til tennene, skapte kaos i det en gang fredelige riket. Mario må ta et seriøst våpen og spille rollen som en superhelt. Og for at han skal lykkes, kan du hjelpe rørleggeren med å mestre en ny rolle for seg selv. Det er nødvendig å rydde plattformene for rompirater og bringe verden tilbake til jorden igjen i Super Mario Commander.