Evig fiende til Mario - Bowser utmerket seg igjen. Han konstruerte og stjal alle stjernene fra himmelen, som strakte seg over soppriket. Men dette er ikke nok, skurken samlet byttet og dro til Egypt for å spre dem på sanden mellom pyramidene og faraoenes statuer. Prinsesse Peach gikk ut om kvelden for å beundre stjernene, så fullstendig mørke og var veldig opprørt, og kongen sendte umiddelbart etter Mario. Rørleggeren ble beordret til umiddelbart å reise til Egypt og hente alle stjålne stjerner. Helten la lydig avgårde på vei, og du kan følge ham i Super Mario Egypt Stars og hjelpe til med å fullføre oppdraget. Igjen, du må bekjempe onde sopp og kjøttetende planter, hoppe på plattformer og samle mynter, men du må samle stjerner.