En ond skurk har dukket opp i Super Mario-verdenen. En rørlegger ved navn Luigi bestemte seg for å sende skurken til en annen verden gjennom et magisk ritual. Men for å holde det trenger Luigi spesielle gullstjerner. I Super Mario World: Luigi Is Villain, vil du hjelpe ham med å samle dem. Et bestemt område vil dukke opp foran deg på skjermen der helten din skal være. Ved å bruke kontrolltastene får du helten din til å bevege seg fremover. Ulike feller og farlige skapninger vil dukke opp på hans vei. Du som styrer handlingene til Luigi, må få ham til å hoppe over alle farene. Så snart du finner en gullstjerne, plukk den opp og få poeng for den.