Se i soppriket, en nødsituasjon skjedde igjen - prinsesse Peach ble kidnappet. Men denne gangen har den onde Bowser ingenting med det å gjøre, da det ikke er overraskende. Den stakkars tingen ble dratt bort av et ondt spøkelse og fløy bort med gislene til den mørke siden av en helt annen verden, ikke tilhørende den der Mario bor. Den modige rørleggeren må krysse inn i Minecraft-verdenen og finne kidnapperen. En gang på et utenlandsk territorium, vil Mario bli som blokkinnbyggere, og dette er ikke overraskende, han har ikke behov for å skille seg ut. Hjelp helten i Super Mario MineCraft Runner med å løpe langs et langt spor med hindringer som samler mynter.