Nesten alle har hørt om alkymi og de færreste tror at gull kan lages fra en slags filosofstein. Alchemist`s Village-spillet tilbyr deg midlertidig å slippe skepsis og bli kjent med den virkelige alkymisten Patrick, som bor i et magisk land. Han tilbrakte hele livet på å søke etter en universell formel, og etter å ha mistet håpet om å reprodusere den, bestemte han seg for å henvende seg til den dyktigste forskeren som driver med alkymi ved navn Samuel. For å gjøre dette, må han til landsbyen der alkymisten bor. Men ved ankomst finner helten ut at den han hadde høye forhåpninger til er dødelig syk og ikke en gang kan snakke. Men det er notatene hans om resultatene av forskning som må finnes.