I piksel verden begynte verdens ende. Det er ikke kjent hvor horder av levende død kom fra, som nå angriper små byer og dreper folk og gjør dem til liknende. Men det var modige mennesker i verden som tok opp armer for å forsvare sine bosetninger. Du i spillet Pixel Shot vil være en av dem. Din karakter må løpe gjennom gatene i byen og finne alle zombiene. Ved hjelp av hans kraftige våpen, vil han skyte på dem kunne ødelegge alle monstrene. På vei må han samle ulike elementer som vil hjelpe ham i kampen mot de levende døde.