En dyster himmel med hengende skyer i en merkelig farge, sølepytter med grønn mistenkelig luktende væske overalt, falleferdige bygninger og ødelagte biler - dette er alt som gjenstår av den en gang aktivt arbeidende basen i Toxic Arena: Biological Threat. Det viser seg at hemmelige eksperimenter på menneskelig mutasjon ble utført på dets territorium. Da eksplosjonen skjedde, ble området forurenset, og mutanter brast til overflaten. For å lokalisere trusselen og forhindre at monstrene sprer seg over hele området, ble helten sendt for å eliminere dem i Toxic Arena: Biological Threat.
