Helten i spillet Escape the Giant School 3D ble plutselig veldig liten, og fant seg selv på en skole som hadde blitt gigantisk for ham. Vanlige bøker, blyanter og viskelær har blitt til hindringer i guttens vei, og han vil raskt forlate skolen som har blitt farlig. Hjelp ham med å overvinne hindringer i form av enorme skrivesaker, lærebøker og andre gjenstander som en student vanligvis bruker. Hopp over viskelær og blyanter, over bøker og pulter, og nå målstreken for å flytte til et nytt sted i Escape the Giant School 3D.