Når det oppstår en slags ubalanse i naturen, fører det til alvorlige konsekvenser. Mennesket har anstrengt seg mye for å forstyrre den naturlige harmonien i havet, som et resultat av at bestanden av rovfisk har økt betydelig. Dette truer med å ødelegge den marine faunaen, og noe må gjøres med det. I spillet Aquava nærmer du deg problemet radikalt – ved å ødelegge den skurkefisken. Bare klikk på den valgte fisken og den forsvinner, og du går videre til neste. Tiden er begrenset til tretti sekunder i Aquava. Du vil ikke kunne holde deg under vann lenger.