Etter en rekke menneskeskapte katastrofer har planetenes økologi blitt kraftig forverret, og det har blitt vanskelig for mennesker å leve. Mutanter dukket opp som raskt tilpasset seg nye forhold. Blodet deres kan bli grunnlaget for å lage en vaksine som vil hjelpe vanlige mennesker til å bli sterkere og sunnere. Helten i spillet Mutant Blood er en verdensberømt vitenskapsmann som forente alle de smarte hodene på planeten for å lage en vaksine. Arbeidet har begynt i alle de hemmelige laboratoriene, men de som ønsker å blande seg inn i prosessen i Mutantblood har dukket opp – dette er ekstremister.
