Livet i Mushroom Kingdom blir nok en gang forstyrret av kidnappingen av prinsesse Peach. Bowser kan ikke roe seg ned og kan ikke finne på noe nytt bortsett fra å kidnappe prinsessen. Mario i Super Mario Flash vil dra på en reise for å redde en jente, dette er ikke første gang for ham, og du har en grunn til å igjen bli en deltaker i et morsomt eventyr. Led Mario over plattformene, hopp på onde sopp og skilpadder. Finn den store magiske fluesoppen som vil gjøre rørleggeren til Super Mario. I tillegg kan du finne en magisk blomst på plattformene, som også vil styrke helten og gi ham styrke i Super Mario Flash.
