Legg ut på et morsomt eventyr med en uvanlig liten mann som er i ferd med å nå målstreken og kjempe mot et farlig gigantisk monster i Layer Man 3D: Run & Collect. I starten er helten en vanlig karakter på mellomnivå, men du kan heve ham hvis du samler flerfargede ringer, legger dem oppå hverandre og går gjennom den grønne porten for å heve nivået enda høyere. I dette tilfellet må du kontinuerlig skyte, slå ned eller omgå hindringer. Skurken har satt seg mange hindringer som må ødelegges, og på de første nivåene er det lite sannsynlig at du lykkes, men etter hvert som du får erfaring og styrke vil alt ordne seg i Layer Man 3D: Run & Collect.