En liten morsom skapning ved navn Jojo bor i skogens dyp. En dag hørte vår helt at det på avsidesliggende steder om natten dukker opp gullmynter. Karakteren vår bestemte seg for å dra til disse stedene og samle dem alle sammen. Du i spillet Jojo Run vil hjelpe ham med dette. Karakteren din vil løpe langs banen med alle bena. Underveis vil han komme over bakkesvikt, feller og forskjellige skapninger som er i stand til å drepe ham. Når du nærmer deg alle disse farene, må du få helten til å hoppe og fly gjennom den gjennom luften. Du må samle alle disse myntene underveis.