Flerfargede bobler vil blåses opp og reise seg etter din kommando i Bubble Merge. Kollisjonen av to identiske bobler vil resultere i en sammenslåing til en større boble med en annen farge. Dermed vil settet med bobleballer på banen stadig endre seg. Hvis feltet er helt fylt, vil spillet avsluttes, men du kan utsette dette øyeblikket ved å tvinge ballene til å kombineres oftere. Med hver tilkobling vil du motta et visst antall poeng. Totalbeløpet vises i øvre høyre hjørne. Tilførselen av neste ball er angitt øverst, du vil på forhånd vite hvilken ball som vises neste i Bubble Merge, dette vil gjøre planleggingen enklere.