I dekke av mørket går en modig ninja på jakt og du må hjelpe ham med å takle jobben sin i Night Ninja. Og det består i å rydde territoriet for banditter som også anser seg selv som ninjaer og derved nedverdiger edle krigere. Ranere fisker om natten, så helten vår blir også tvunget til å handle om natten. I øvre høyre hjørne vil du se oppgaven for hvert nivå. Det ligger i antall ødelagte fiender. For å eliminere, må du bruke en shuriken, kaste den langveis fra, og et katana-sverd for nærkamp. Alle de nødvendige knappene er i nedre høyre hjørne i Night Ninja.