En modig ninjakriger gikk inn i et eldgammelt fangehull. Helten vår må utforske den og samle alle de gyldne magiske myntene. Du i spillet Ninja Auto Run vil hjelpe ham i dette eventyret. Før du på skjermen vil du se et av rommene i fangehullet. Helten din vil løpe på den med en viss hastighet. På veien vil det dukke opp pigger fra bakken, hindringer i forskjellige høyder og andre feller. Når helten din løper mot disse farene, må du få dem til å hoppe. På denne måten vil ninjaen din fly gjennom alle disse farene. På veien hjelper du karakteren med å samle gullmynter som du vil få poeng for i Ninja Auto Run-spillet.