I undervannsriket dukket det opp flerfargede baller som ble sendt av en ond heks. Disse ballene er forbannet og utgjør en fare for innbyggerne i undervannsverdenen. Du i spillet Cute Bubble Shooter må ødelegge dem alle. Du vil ha en spesiell kanon til din disposisjon, som vil skyte enkeltballer i forskjellige farger. Du må undersøke alt nøye. Så snart kjernen dukker opp i kanonen din, må du finne en klynge med nøyaktig samme fargekuler. Når du er klar, skyt et skudd. Ladningen din vil falle inn i en klynge med nøyaktig samme fargekuler og ødelegge dem. For dette vil du få poeng i spillet Cute Bubble Shooter.