Den klassiske bobleskyteren bestemte seg for å avvike fra reglene og tilbyr deg å spille med flerfargede sekskanter i Bubble Shooter Hexagon i stedet for tradisjonelle bobler. De vil også sprekke, som vanlige bobler, og for dette må du oppfylle betingelsene som er satt av spillet. De består i at det er tre eller flere identiske figurer ved siden av hverandre. Alle sekssidige bobler må ødelegges. Samtidig vil tiden for å fullføre oppgaven på hvert nivå være strengt begrenset, så ikke kast bort den forgjeves, men handle raskt og klokt. Hvert skudd må gi et resultat i Bubble Shooter Hexagon.