Runer spiller en stor rolle i ulike magiske ritualer og seremonier, men ikke alle kan lese skiltene og mestre dem. I The Runic Conjecture vil du og en steinblokkkarakter flytte fra ett sted til et annet, og åpne en port. For at de skal åpne, må du aktivere alle steinene med inskripsjoner og kombinere dem til en. Finn en stein med glødende runesymboler og begynn med den. Du må finne en kombinasjon som gjør at runene kan kobles til de samme på andre steler. Det skal dannes en kjede som åpner låsen og åpner den i The Runic Conjecture.