Vår spenstige rørlegger ved navn Mario har blitt fraktet gjennom en portal til den mystiske øya Yoshi's Island. Nå må helten vår finne veien hjem. Mario vil være synlig på skjermen foran deg, som under din ledelse vil bevege seg fremover gjennom stedet. Underveis vil han samle gullmynter og andre gjenstander spredt rundt. På veien vil feil i bakken, hindringer og andre farer vente på ham. Noen av dem vil helten din kunne omgå, gjennom andre farer kan han ganske enkelt hoppe over. På slutten av hvert nivå i Yoshi's Island vil en portal som fører til neste nivå vente på deg.