Så snart uønskede personligheter dukker opp i vår virtuelle by som skader byen og dens innbyggere, begynner byfolket å velge en helt som kan motstå skurkene. Denne gangen dukket det opp monstre fra Monsterforeningen, som ble opprettet i strid med Helteforeningen, i byens gater. Bare Saitama eller Bald Cloak, også kjent som One Punch Man eller One Punch Man, kan håndtere dem. Men du må hjelpe ham i One Punch Man 3D Game, fordi det vil være mange fiender og først må du finne dem i en storby. Øverst til høyre finner du en navigator med røde prikker på – dette er heltens mål i One Punch Man 3D Game.