Den berømte tegneseriefiguren, menneskehetens frelser, ti år gamle Ben Tennyson har en fordel fremfor andre jordboere ved at han kan bruke en spesiell klokke av fremmed opprinnelse som kan gjøre ham til forskjellige representanter for andre planeter. Men i spillet Ben 10 Run vil det ikke være noen transformasjoner, helten vil stole på sin egen styrke og utholdenhet. Han må løpe over et åpent ørkenområde og hoppe over ulike hindringer. Årsaken til flukten hans er at kusinen Gwen forsvant. Du må gjøre alt raskt uten å kaste bort tid, så du må hjelpe helten med å hoppe over hindringer og samle krystaller i Ben 10 Run.