Pokémon er tilbake, og du vil finne dem i Monster Box-spillet mens du går gjennom nivåene. Spilleren vil fungere som en trener, men de tradisjonelle pokeballene vil bli erstattet med kuber, men de inneholder også små monstre. På nivået, for å fullføre det, må du enten beseire monsteret. Eller ta ham med til boksing. Vær oppmerksom på at fargen på boksen må samsvare med fargen på Pokémonen. Hvis et annet monster begynner å angripe deg, kast boksen med monsteret ditt slik at han beseirer motstanderen. Hvert nivå vil ha sin egen situasjon. Der du må finne den riktige løsningen for til slutt å beseire motstanderen din og fullføre nivået i Monster Box.