Den modige ninjaen i Kyoto, etter instrukser fra sjefen for hans orden, må gå til de mørke landene og finne eldgamle gjenstander der. Du i spillet Ninja vs Zombies vil bli med ham i dette eventyret. Helten din må gå gjennom mange steder og overvinne ulike farer. Horder av zombier streifer rundt på stedene som helten din må kjempe med. Når han går inn i kamp med dem, vil helten bruke forskjellige våpen. Ved å ødelegge de levende døde vil du tjene poeng, og du kan også samle trofeer som faller ut av dem. Med poengene du får, kan du kjøpe forskjellige våpen og ammunisjon til karakteren din i spillbutikken.