Magical Dragons Difference tar deg til en verden der magi og trolldom spiller en stor rolle. Det er ingen vanlige mennesker her, for det lever bare skapninger. Har varierende grad av magiske evner. Blant dem er et spesielt sted okkupert av magiske drager. De ligner veldig på dinosaurer, men her regnes de som drager og æret som hellige dyr. Nylig bestemte en trollmann seg for å øke bestanden av drager, men noe med trolldommene hans fungerte ikke, og dragene virket som dobbeltgjengere. De er ikke ekte, men veldig like. Finn forskjellene mellom dem for å forstå hvor det virkelige er og hvor er produktet av magi i Magical Dragons Difference.