En søt og munter ponni er i trøbbel. Han falt fra stor høyde og ble skadet. Du er i et nytt spennende spill. My Cute Pony Doctor må hjelpe ponnien og kurere ham. Foran deg på skjermen vil du se rommet der ponnien skal være. Nederst på skjermen vil du se et kontrollpanel med ulike elementer. Du trenger dem for å helbrede ponnien. Det er hjelp i spillet. Du i form av tips vil indikere rekkefølgen av handlingene dine. Etter dem vil du ta gjenstander fra panelet og utføre ulike handlinger rettet mot å helbrede dyret. Når du er ferdig vil ponnien være helt frisk og kunne gå ute igjen.