To brødre som var på reise, fant inngangen til en mystisk hule. De bestemte seg for å utforske den, men mistenkte ikke at den var en portal til en annen verden, og den viste seg å være åpen. Heltene viste seg på et øyeblikk å være veldig langt fra hjemmet sitt, og det er ikke lenger mulig å vende tilbake på samme måte. Portalen har stengt, du må se etter andre utganger og du vil hjelpe heltene i deres søk i Super Brothers-spillet. På hvert nivå er det nødvendig å samle sekssidige krystaller og nøkler uten feil. Uten dem vil ikke steindørene åpne seg. Hver bror har sine egne evner. Den ene vet hvordan man enkelt passerer vannbarrierer, og den andre - brann. Heltene må hjelpe hverandre for å unngå feller og samle nøkler i Super Brothers.