To hemmelige agenter Tom og Jack er i en organisasjon som jakter på romvesener som har kommet inn i vår verden. I dag i Alien Hunter Bros vil du hjelpe agenter med å gjøre jobben sin. Heltene dine vil være synlige på skjermen foran deg, som vil være på et bestemt sted. Ved å bruke kontrolltastene vil du kontrollere handlingene til begge karakterene samtidig. Se nøye på skjermen. På forskjellige steder vil du se fremmede monstre. Du må bringe heltene dine til dem på en viss avstand. Deretter vil de, ved å sikte, kunne åpne ild med våpnene sine. Ved å skyte nøyaktig vil du ødelegge romvesenene og få poeng for det. Etter fiendens død vil heltene dine kunne plukke opp trofeene som vil falle ut av dem.