I soppriket invaderte det igjen problemer, ukjente skapninger i masker og kapper invaderte landet, og dette er ikke mennesker, men tilsynelatende roboter som er imot alle levende ting. De er godt bevæpnet og våpen er ikke terrestriske. Men vår helt Mario er heller ikke en glipp i Super Mario Mission Impossible. Han bruker en kraftig blaster som skyter en dødelig laserstråle for å sikkert ødelegge uvanlige fiender. Men det er bare én rørlegger, og det er mange roboter, så skynd deg å hjelpe ham og ødelegge alle som møter ham på vei. Helten vil stadig bevege seg, og det er viktig å ikke la fienden komme for nær i Super Mario Mission Impossible.