Alt snudd på hodet i spillverdenen. I det en gang fredelige soppriket, hvor det alltid var rolig og bare sopp eller skilpadder kunne leke, begynte virkelig farlige fiender å dukke opp - dette er zombier. Det var ikke første gang at Mario måtte ta et kraftig våpen for å motstå invasjonen, ellers ville verden ende. I Super Mario Shooting Zombie kan du hjelpe helten med å slå ut ghoulene fra stedene de forventet å gjemme seg og skjule til bedre tider. Du må få de udøde fra alle steder, ved å bruke alle objektene for hånden, samt ricochet i Super Mario Shooting Zombie.