Alt i spillverdenen er snudd på hodet. I det en gang så fredelige Mushroom Kingdom, hvor det alltid var rolig og bare sopp eller skilpadder kunne bli litt slemme, begynte det å dukke opp virkelig farlige fiender - zombier. Ikke for første gang måtte Mario plukke opp et kraftig våpen for å motstå invasjonen, ellers ville verden gå under. I spillet Super Mario Shooting Zombie kan du hjelpe helten med å slå ut de vandøde fra stedene der de håpet å gjemme seg og gjemme seg til bedre tider. Du må få de vandøde fra overalt, ved å bruke alle tilgjengelige gjenstander, samt rikosjettere i Super Mario Shooting Zombie.