Soppriket har gjennomgått en fremmed invasjon. Fremmede roboter går langs plattformene og gatene og truer alle innbyggerne med sine jernklør. Mario er den eneste som er i stand til å motstå aggressoren, han har allerede spist sopp, har blitt en stor Super Mario, bevæpnet med en hammer og steiner og er klar til å kjempe. Hjelp helten, han vil bevege seg raskt nok, og du, ved å klikke på de valgte knappene i nedre høyre hjørne, får ham til å enten kaste stein eller slå fienden med en hammer. Det er bedre å kaste stein mot større roboter. Og for små er et sterkt slag mot hodet i Super Mario Run nok.