Soppriket ser ikke ut til å være så stort, og likevel har det samlet seg så mye søppel i det at det ikke lenger får plass på et spesialdesignet deponi. Kongen bestemte seg for å kaste alt i sjøen, men Mario er helt imot det. I Super Mario Transporter har han til hensikt å personlig fjerne alt avfall vekk fra hjemstedet, der det vil bli ødelagt eller resirkulert. For dette forberedte helten flere typer lastetankere og andre skip. Men noen må hjelpe helten med å åpne avløpsventilene. Avfall kan ikke forveksles, det har forskjellige farger og må matche fargen på beholderen. Hvor vil du helle dem. Åpne klaffene og ikke bland væsker i Super Mario Transporter.