Det har blitt en god tradisjon for superhelter fra Marvel -universet å gå ut alene mot en hær av monstre. I Batman Commander hjelper du Batman med å avvise angrep fra monstre fra verdensrommet. Svært ubehagelige skapninger, som ligner på fabelaktige nisser, vil angripe både fra luften og fra bakken. For ikke å bli et lett mål, vil helten være i bevegelse hele tiden, det vil si å løpe. På flukt må du skyte på fiender som beveger seg mot eller angriper ovenfra. Behendighet og fingerferdighet kreves av deg. Oppgaven er å få maksimalt antall poeng. Helten har tre liv, antallet deres gjenspeiles i øvre venstre hjørne. Når du står overfor en fiende, forsvinner ett liv i Batman Commander.