Spider-Man har hatt uvanlige ting som skjer noen ganger, spesielt i det siste. Han kan sove i huset sitt, og våkne opp på et helt annet sted. Dette er en slags magi eller superteknologi, du må finne ut før det blir verre. I spillet Marvel Ultimate Spider-man Mystery City vil du og en superhelt befinne deg i en mystisk by som ikke er på kartet. Mest sannsynlig er han i et parallelt univers. Spider-Man ønsker å forstå hvordan han transporteres i verdensrommet og hvorfor akkurat her. Å flytte rundt i byen. Det er nødvendig å hoppe og lande nøyaktig på de blå flisene, ellers kan helten bli skadet i Marvel Ultimate Spider-man Mystery City.